Maltepe Üniversitesi Gastroenteroloji Enstitüsü 1992 yılında kurulan Gastroenteroloji Enstitüsü ülkemizde sindirim sistemi hastalıklarına yönelik lisansüstü eğitim, araştırma ve uygulama çalışmaları yapan ilk enstitüdür. 1995 yılında enstitü binası hizmete açılmıştır.