İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Kardiyoloji Enstitüsü 1983 yılında İstanbul Üniversitesi Rektörlüğü’ne bağlı bir kurum olarak kurulmuş ve bu kuruluşla İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Kardiyoloji Enstitüsü, İstanbul Üniversitesi Kardiyoloji Enstitüsüne dönüştürülmüştür.
