1990 yılında hizmet vermeye başlayan hastane Pendik ilçe merkezine ve E-5 karayoluna yakın arazi üzerine inşa edilmiştir.
Açıldığında 50 kadrolu ve 35 fiili yatakla hizmet vermeye başlayan hastane halka hizmet vermekte yetersiz kalması nedeniyle hastane arazisine 1998 yılında ek bina inşası başlanılmış olup, 2002 yılında ek bina inşası bitirilerek hastalara hizmet vermeye başlamıştır.
2005 yılında Doğu Mah. İbni Sina Caddesi adresindeki Kadın Doğum Hastalıkları Hastane binası protokolle Bakanlığımıza devredilmiştir. Yine aynı yıl binanın tefrişi tamamlanmış ve 16.03.2006 tarihinde Pendik Devlet Hastanesi İstasyon Klinikleri adı altında hizmete açılmıştır.